La riserva faunistica deriva dal nome del popolo Masai o Maasai (che abita varie zone nella pianura di Serengeti) e del fiume Mara e fu istituita nel 1961.

La superficie è di 320 km² e l’intera area è attraversata dalla Grande Rift Valley che unisce il Mar Mediterraneo al Mozambico centrale ed è confinante con il Parco nazionale del Serengeti in Tanzania, con il quale forma un unico ecosistema. La riserva è nota per l’eccezionale concentrazione di fauna e per la celebre Grande migrazione di gnu e zebre che ha luogo in aprile-maggio.

Nel parco sono presenti tutti i cosiddetti Big Five (leoni, leopardi, elefanti, rinoceronti e bufali) ma gli gnu sono i principali abitanti (milioni di esemplari). Essi migrano dal Serengeti al Masai Mara in primavera e viceversa in autunno. Numerose sono anche altre specie di antilopi, in particolare la gazzella di Thomson e la gazzella di Grant, gli impala, e altre. Grandi branchi di zebre si trovano ovunque nella riserva. Nella pianura abitano anche giraffe Masai. L’avifauna comprende centinaia di specie.