Malindi è stata tradizionalmente una città portuale e nel 1414 fu visitata dalla flotta dell’esploratore cinese Zheng He. Il sovrano di Malindi mandò un inviato personale con una giraffa come regalo per la Cina su quella flotta.

Nel 1948 Vasco da Gama incontrò le autorità di Malindi per firmare un accordo commerciale e assumere una guida per il viaggio in India, tanto che venne anche eretto un pilastro di corallo a lui dedicato ancora presente.

In quegli anni Malindi era una città prospera con una popolazione di circa 6.000 abitanti e qui i portoghesi stabilirono una base commerciale che servì da punto di ristoro sulla strada da e per l’India. La città rimase centro dell’attività portoghese in Africa orientale fino al 1953, quando la base venne trasferita a Mombasa.

Da lì un progressivo declino fino al 1890 quando la città passò sotto l’amministrazione britannica. Gli inglesi abolirono il commercio degli schiavi e la schiavitù e la città ebbe un boom commerciale tra la fine della prima guerra ed il 1925. Gli Europei inoltre acquistarono terre dagli arabi ed iniziarono ad aprire i primi alberghi che divennero la base della futura industria turistica.